Родился 22 марта 1855 года в деревне Ликаст (Чорум, Османская империя). Позднее перебрался в Трапезунд, где присоединился к табачной монополии. В 1908—1918 — член парламента Османской империи (три срока подряд). Первоначально участвовал в младотурецком движении. Кофидис, а также ряд православных граждан Османской империи надеялись на то, что оно поддержит различные местные этнорелигиозные группы. Однако вскоре стала очевидна конечная цель младотурок, заключавшаяся в реализации различных способов этнических чисток и геноцида, к осуществлению которых они приступили в последующие годы.
Представляемый Кофидисом в парламенте район серьёзно пострадал в результате политики этнических чисток. Сам он был одним из греческих представителей в парламенте, энергично протестовавших и требовавших решительных мер для прекращения продолжавшегося геноцида. Поэтому, в сложившихся условиях Кофидис с большой осторожностью пытался урегулировать ситуацию и по мере возможности вёл переговоры с османскими властями.
В 1917 году на непродолжительный период заменил епископа Трапезундского Хрисанфа в его нецерковных функциях. 1920 год дал ему шанс стать лидером вооружённой партизанской борьбы в Понте, он отказался. Кофидис опасался того, что оно может спровоцировать ответные меры со стороны членов турецкого национального движения.
С середины 1921 года большая часть местного православного мужского населения была депортирована и направлена в трудовые батальоны в Эрзерум. Сын Кофидиса был убит во время депортации. В этот период турецкое национальное движение, проводившее специальные суды в Амасьи под контролем Мустафы Кемаля, приговорило Кофидиса к смертной казни через повешение. Эта же участь постигла и других видных деятелей местной греческой общины. Это были главным образом политикои, предприниматели и религиозные деятели, среди которых был журналист и газетный издатель Никос Капетанидис. Всех их обвинили в участии в создании Республики Понт.
Казнь Кофидиса возмутила даже мусульманское население Трапезунда, отказавшееся передать в руки турецких националистов Кемаля дополнительное число греков.
